Poligenisme ciptaanisme Samuel George Morton dan Louis Agassiz, yang mempersembahkan bangsa manusia sebagai spesies yang dicipta secara berasingan, telah ditolak oleh Charles Darwin, yang menghujah monogenesis spesies manusia dan asal manusia moden Afrika. Berbeza dengan kebanyakan penyokong Darwin, Haeckel mengemukakan doktrin poligenisme evolusi berdasarkan idea ahli bahasa August Schleicher, di mana beberapa kumpulan bahasa yang berbeza telah timbul secara berasingan dalam kalangan pramanusia Urmenschen ("protomanusia") tidak bertutur, yang sendiri telah berkembang daripada nenek moyang simian. Bahasa-bahasa yang berasingan ini telah melengkapkan peralihan daripada haiwan kepada manusia; di bawah pengaruh setiap cabang bahasa utama, manusia telah berkembang - dalam sejenis warisan Lamarckisme - sebagai spesies berasingan, yang boleh dibahagikan kepada kaum. Daripada ini, Haeckel mereka implikasi bahawa bahasa yang paling berpotensi menghasilkan bangsa manusia yang paling berpotensi diketuai oleh kumpulan Semitik dan Indo-Jerman, dengan pelbagai jenis bahasa Barbar, Yahudi, Yunani-Romawi dan Jermanik.[32] Seperti yang dinyatakan Haeckel:

Kita mesti menyebut di sini salah satu hasil yang paling penting dalam kajian perbandingan bahasa, yang bagi Stammbaum, spesies manusia adalah yang paling penting, iaitu bahasa manusia mungkin mempunyai asal berbilang atau polifiletik. Bahasa manusia seperti itu mungkin berkembang hanya selepas spesies Urmenschen atau Affenmenschen (Jerman: manusia-berukcode: de is deprecated ) yang tidak bersuara telah berpecah kepada beberapa spesies atau jenis. Dengan setiap spesies manusia ini, bahasa berkembang sendiri dan bebas daripada yang lain. Sekurang-kurangnya ini adalah pandangan Schleicher, salah satu pihak berkuasa terulung mengenai perkara ini. ... Jika seseorang melihat asal usul cabang bahasa sebagai tindakan istimewa dan utama untuk menjadi manusia, dan spesies manusia dibezakan mengikut cabang bahasa mereka, maka seseorang boleh mengatakan bahawa spesies manusia yang berbeza timbul secara bebas antara satu sama lain.

Haeckel juga menggunakan hipotesis poligenisme kepada kepelbagaian moden kumpulan manusia. Beliau menjadi tokoh utama dalam Darwinisme sosial dan penyokong utama perkauman saintifik, dengan menyatakan sebagai contoh:[33]

Haeckel membahagikan manusia kepada sepuluh kaum, di mana warga Kaukasia adalah yang tertinggi dan warga primitif ditakdirkan untuk pupus.[34] Pada pandangannya, "Negro" adalah ganas dan Putih adalah yang paling bertamadun: sebagai contoh, dia mendakwa bahawa "Negro" mempunyai jari kaki yang lebih kuat dan lebih bebas daripada mana-mana kaum lain, dan katanya, adalah bukti mereka kurang berkembang, sehingga dibandingkannya dengan "beruk empat tangan".[35]

Dalam Ontogeni dan Filogeni, ahli paleontologi Harvard Stephen Jay Gould menulis: "Perkauman evolusi [Haeckel]; seruannya kepada rakyat Jerman terhadap kemurnian kaum dan pengabdian yang tidak berbelah demi keadaan "adil"; kepercayaannya bahawa undang-undang evolusi yang keras dan tidak dapat dielakkan memerintah tamadun manusia dan alam semula jadi, membawa kepada kaum dipilih diberi hak untuk menguasai orang lain ... semuanya menyumbang kepada kebangkitan Nazisme."[36]

Dalam pengenalannya kepada buku ideolog parti Nazi, Alfred Rosenberg, The Myth of the Twentieth Century pada 1930, Peter Peel menegaskan bahawa Rosenberg memang telah membaca Haeckel.[37]

Dalam garis pemikiran yang sama, ahli sejarah Daniel Gasman menyatakan bahawa ideologi Haeckel telah merangsang lahirnya ideologi Fasis di Itali dan Perancis.

Walau bagaimanapun, Robert J. Richards menyatakan: "Haeckel, dalam perjalanannya ke Ceylon dan Indonesia, sering menjalin hubungan yang lebih rapat dan intim dengan orang asli, malah ahli kelas yang tidak boleh disentuh, berbanding penjajah Eropah," dan menyatakan Nazi menolak Haeckel kerana dia menentang antisemitisme, sambil menyokong idea yang mereka tidak suka (contohnya ateisme, feminisme, internasionalisme, pasifisme dll).[38]

Hipotesis Asia

Haeckel mendakwa asal usul manusia ditemui di Asia: dia percaya bahawa Hindustan (benua kecil India) adalah lokasi sebenar di mana manusia pertama telah berkembang. Haeckel berhujah bahawa manusia berkait rapat dengan primata di Asia Tenggara dan menolak hipotesis Darwin tentang Afrika.[39][40]

Haeckel kemudian mendakwa bahawa hubungan hilang itu ditemui di benua Lemuria yang hilang yang terletak di Lautan Hindi. Dia percaya bahawa Lemuria ialah rumah bagi manusia pertama dan Asia adalah rumah bagi kebanyakan primata terawal; maka beliau menyokong bahawa Asia adalah tempat lahirnya evolusi hominid. Haeckel juga mendakwa bahawa Lemuria menghubungkan Asia dan Afrika, yang membolehkan penghijrahan manusia ke seluruh dunia.[41][42]

Dalam buku The History of Creation (1884), dia memasukkan laluan migrasi yang dia fikir manusia pertama telah menggunakan di luar Lemuria.[43]